儘管忽必烈在漢地建立了相對穩定的統治,但元朝並非一帆風順。元朝的漢人被劃為低等階層,元朝貴族的特權使社會矛盾重重。忽必烈的漢化政策雖然鞏固了政權,但卻讓元朝陷入了民族和階級的雙重危機。
隨著時間推移,元朝的財政壓力越來越大。蒙古統治者為維持巨額開支,不得不加重對百姓的稅收,甚至將不同的民族分為等級,漢人和南人(南宋百姓)受到了更為嚴重的壓迫。百姓的怨聲載道逐漸醞釀成了席捲整個國家的起義風暴。
1325年,河南地區首先爆發起義,接著紅巾軍起義蔓延全國。韓山童、劉福通等人率領的紅巾軍揭竿而起,他們打著「復宋」的旗號,號召百姓推翻蒙古統治。
這一系列的起義使得元朝統治岌岌可危。蒙古貴族內訌不斷,各地的統治者忙於鎮壓起義,元朝的政權開始搖搖欲墜。
1368年,朱元璋率領的起義軍攻克元大都,元順帝倉皇北逃,元朝在中原的統治結束了。元朝退回漠北,史稱「北元」。而此時的北元,早已無力恢復往日的輝煌,成為明朝的北方威脅之一。