《永樂大典》從編纂成功後,原稿一直存放在南京文淵閣,後毀於大火。朱棣遷都北京後,正本一直放在明朝皇宮中的文樓(今北京故宮午門的東角樓)。這是一部珍貴的史書,明朝皇帝非常重視,嘉靖皇帝就非常喜愛,經常拿幾本放在案頭翻閱。
嘉靖皇帝尤為擔心,「命左右趣登文樓出之,夜中傳諭三四次,遂得不毀。」在嘉靖皇帝的一手推動下,《永樂大典》逃過一劫。火災過後,嘉靖皇帝萌發了再抄錄一部《永樂大典》,並立即行動起來。
嘉靖四十一年,「複製」一部《永樂大典》的工作正式開始,直到嘉靖皇帝去世的第二年才複製完畢,我們如今能看到的殘本就是副本。十分蹊蹺的是,副本抄錄結束後,正本卻不翼而飛了。
要知道《永樂大典》有一萬多冊,而且每冊書長50.3厘米,寬30厘米,厚2厘米左右。如此之多的卷冊,放在那裡就跟一座小山一樣,怎麼就突然不見了?這是一個千古之謎,史學界也稱其為「中國書籍史上最大的疑案」。